神産巣日神は古事記での書き方ですが、日本書紀では神皇産霊尊と書かれます。
一般に民俗学者は神様の系統というのは高天原系(天神系)と出雲系(地祇系)に分かれると指摘していますが、基本的には高御産巣日神は高天原系の祖神、神産巣日神は出雲系の祖神と考えられます。
このため、神産巣日神は後に、大穴牟遅神(大国主神)が兄神たちに迫害された時、それを助ける役割を果たしています。
なお、神産巣日神は実は神魂大社の本来の御祭神ではないかとの説もありますが、これについては今の所私は意見保留です。